source: trunk/pbs_drmaa/submit.c @ 52

Revision 52, 20.7 KB checked in by mmamonski, 8 years ago (diff)

store job exit status in file

  • Property svn:keywords set to Id
Line 
1/* $Id$ */
2/*
3 *  FedStage DRMAA for PBS Pro
4 *  Copyright (C) 2006-2009  FedStage Systems
5 *
6 *  This program is free software: you can redistribute it and/or modify
7 *  it under the terms of the GNU General Public License as published by
8 *  the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or
9 *  (at your option) any later version.
10 *
11 *  This program is distributed in the hope that it will be useful,
12 *  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
13 *  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
14 *  GNU General Public License for more details.
15 *
16 *  You should have received a copy of the GNU General Public License
17 *  along with this program.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
18 */
19
20#ifdef HAVE_CONFIG_H
21#       include <config.h>
22#endif
23
24#include <unistd.h>
25#include <string.h>
26
27#include <pbs_ifl.h>
28#include <pbs_error.h>
29
30#include <drmaa_utils/conf.h>
31#include <drmaa_utils/drmaa.h>
32#include <drmaa_utils/drmaa_util.h>
33#include <drmaa_utils/datetime.h>
34#include <drmaa_utils/iter.h>
35#include <drmaa_utils/template.h>
36#include <pbs_drmaa/pbs_attrib.h>
37#include <pbs_drmaa/session.h>
38#include <pbs_drmaa/submit.h>
39#include <pbs_drmaa/util.h>
40
41
42
43#ifndef lint
44static char rcsid[]
45#       ifdef __GNUC__
46                __attribute__ ((unused))
47#       endif
48        = "$Id$";
49#endif
50
51static void pbsdrmaa_submit_destroy( pbsdrmaa_submit_t *self );
52
53static char *pbsdrmaa_submit_submit( pbsdrmaa_submit_t *self );
54
55static void pbsdrmaa_submit_eval( pbsdrmaa_submit_t *self );
56
57static void pbsdrmaa_submit_set( pbsdrmaa_submit_t *self, const char *pbs_attr, char *value, unsigned placeholders );
58
59static void pbsdrmaa_submit_apply_defaults( pbsdrmaa_submit_t *self );
60static void pbsdrmaa_submit_apply_job_script( pbsdrmaa_submit_t *self );
61static void pbsdrmaa_submit_apply_job_state( pbsdrmaa_submit_t *self );
62static void pbsdrmaa_submit_apply_job_files( pbsdrmaa_submit_t *self );
63static void pbsdrmaa_submit_apply_file_staging( pbsdrmaa_submit_t *self );
64static void pbsdrmaa_submit_apply_job_resources( pbsdrmaa_submit_t *self );
65static void pbsdrmaa_submit_apply_job_environment( pbsdrmaa_submit_t *self );
66static void pbsdrmaa_submit_apply_email_notification( pbsdrmaa_submit_t *self );
67static void pbsdrmaa_submit_apply_job_category( pbsdrmaa_submit_t *self );
68
69
70pbsdrmaa_submit_t *
71pbsdrmaa_submit_new( fsd_drmaa_session_t *session,
72                const fsd_template_t *job_template, int bulk_idx )
73{
74        pbsdrmaa_submit_t *volatile self = NULL;
75        TRY
76         {
77                fsd_malloc( self, pbsdrmaa_submit_t );
78                self->session = session;
79                self->job_template = job_template;
80                self->script_filename = NULL;
81                self->destination_queue = NULL;
82                self->pbs_job_attributes = NULL;
83                self->expand_ph = NULL;
84                self->destroy = pbsdrmaa_submit_destroy;
85                self->submit = pbsdrmaa_submit_submit;
86                self->eval = pbsdrmaa_submit_eval;
87                self->set = pbsdrmaa_submit_set;
88                self->apply_defaults = pbsdrmaa_submit_apply_defaults;
89                self->apply_job_category = pbsdrmaa_submit_apply_job_category;
90                self->apply_job_script = pbsdrmaa_submit_apply_job_script;
91                self->apply_job_state = pbsdrmaa_submit_apply_job_state;
92                self->apply_job_files = pbsdrmaa_submit_apply_job_files;
93                self->apply_file_staging = pbsdrmaa_submit_apply_file_staging;
94                self->apply_job_resources = pbsdrmaa_submit_apply_job_resources;
95                self->apply_job_environment = pbsdrmaa_submit_apply_job_environment;
96                self->apply_email_notification = pbsdrmaa_submit_apply_email_notification;
97                self->apply_native_specification = pbsdrmaa_submit_apply_native_specification;
98
99                self->pbs_job_attributes = pbsdrmaa_pbs_template_new();
100                self->expand_ph = fsd_expand_drmaa_ph_new( NULL, NULL,
101                                (bulk_idx >= 0) ? fsd_asprintf("%d", bulk_idx) : NULL );
102         }
103        EXCEPT_DEFAULT
104         {
105                if( self )
106                        self->destroy( self );
107         }
108        END_TRY
109        return self;
110}
111
112
113void
114pbsdrmaa_submit_destroy( pbsdrmaa_submit_t *self )
115{
116        if( self->script_filename )
117         {
118                unlink( self->script_filename );
119                fsd_free( self->script_filename );
120         }
121        if( self->pbs_job_attributes )
122                self->pbs_job_attributes->destroy( self->pbs_job_attributes );
123        if( self->expand_ph )
124                self->expand_ph->destroy( self->expand_ph );
125        fsd_free( self->destination_queue );
126        fsd_free( self );
127}
128
129
130char *
131pbsdrmaa_submit_submit( pbsdrmaa_submit_t *self )
132{
133        volatile bool conn_lock = false;
134        struct attrl *volatile pbs_attr = NULL;
135        char *volatile job_id = NULL;
136        TRY
137         {
138                fsd_template_t *pbs_tmpl = self->pbs_job_attributes;
139                int i;
140                int tries_left = ((pbsdrmaa_session_t *)self->session)->max_retries_count;
141                int sleep_time = 1;
142
143                for( i = PBSDRMAA_N_PBS_ATTRIBUTES - 1; i >= 0; i-- ) /* down loop -> start with custom resources */
144                 {
145                        const char *name = pbs_tmpl->by_code( pbs_tmpl, i )->name;
146                        const char *value = pbs_tmpl->get_attr( pbs_tmpl, name );
147
148                        if (!value)
149                                continue;
150
151                        if ( i == PBSDRMAA_ATTR_CUSTOM_RESOURCES)
152                         {
153                                char *value_copy = fsd_strdup(value);
154                                char *tok_comma_ctx = NULL;
155                                char *res_token = NULL;
156                                /* matlab:2,simulink:1 */
157
158                                for (res_token = strtok_r(value_copy, ",", &tok_comma_ctx); res_token; res_token = strtok_r(NULL, ",", &tok_comma_ctx))
159                                 {
160                                        char *value_p = strstr(res_token, ":");
161
162                                        if (value_p)
163                                         {
164                                                char *name_p = NULL;
165                                                *value_p = '\0';
166                                                value_p++;
167                                                name_p = fsd_asprintf("Resource_List.%s",res_token);
168                                                pbs_attr = pbsdrmaa_add_attr( pbs_attr, name_p, value_p );
169                                                fsd_free(name_p);
170                                         }
171                                        else
172                                         {
173                                                fsd_exc_raise_code( FSD_DRMAA_ERRNO_INVALID_ATTRIBUTE_VALUE );
174                                         }
175                                 }
176
177                                fsd_free(value_copy);
178                         }
179                        else if (i == PBSDRMAA_ATTR_NODE_PROPERTIES)
180                         {
181                                const char *nodes_value = pbs_tmpl->get_attr( pbs_tmpl, PBSDRMAA_NODES );
182                                char *final_value = NULL;
183
184                                if (nodes_value)
185                                 {
186                                        final_value = fsd_asprintf("%s:%s",nodes_value, value);
187                                 }
188                                else
189                                 {
190                                        final_value = fsd_asprintf("1:%s", value);
191                                 }
192
193                                pbs_tmpl->set_attr( pbs_tmpl, PBSDRMAA_NODES, final_value);
194                                fsd_free(final_value);
195                         }
196                        else
197                         {
198                                pbs_attr = pbsdrmaa_add_attr( pbs_attr, name, value );
199                         }
200                 }
201
202                conn_lock = fsd_mutex_lock( &self->session->drm_connection_mutex );
203retry:
204                job_id = pbs_submit( ((pbsdrmaa_session_t*)self->session)->pbs_conn,
205                                (struct attropl*)pbs_attr, self->script_filename,
206                                self->destination_queue, NULL );
207
208                fsd_log_info(("pbs_submit(%s, %s) =%s", self->script_filename, self->destination_queue, job_id));
209
210                if( job_id == NULL )
211                {
212                        if (pbs_errno == PBSE_PROTOCOL || pbs_errno == PBSE_EXPIRED)
213                         {
214                                pbsdrmaa_session_t *pbsself = (pbsdrmaa_session_t*)self->session;
215                                if (pbsself->pbs_conn >= 0 )
216                                        pbs_disconnect( pbsself->pbs_conn );
217retry_connect:
218                                sleep(sleep_time++);
219                                pbsself->pbs_conn = pbs_connect( pbsself->super.contact );
220                                if( pbsself->pbs_conn < 0)
221                                        if (tries_left--)
222                                                goto retry_connect;
223                                        else
224                                                pbsdrmaa_exc_raise_pbs( "pbs_connect" );
225                                else
226                                        goto retry;
227                         }
228                        else
229                         {
230                                pbsdrmaa_exc_raise_pbs( "pbs_submit" );
231                         }
232                }
233                conn_lock = fsd_mutex_unlock( &self->session->drm_connection_mutex );
234         }
235        EXCEPT_DEFAULT
236         {
237                fsd_free( job_id );
238                fsd_exc_reraise();
239         }
240        FINALLY
241         {
242                if( conn_lock )
243                        conn_lock = fsd_mutex_unlock( &self->session->drm_connection_mutex );
244                if( pbs_attr )
245                        pbsdrmaa_free_attrl( pbs_attr );
246         }
247        END_TRY
248        return job_id;
249}
250
251
252void
253pbsdrmaa_submit_eval( pbsdrmaa_submit_t *self )
254{
255        self->apply_defaults( self );
256        self->apply_job_category( self );
257        self->apply_job_script( self );
258        self->apply_job_state( self );
259        self->apply_job_files( self );
260        self->apply_file_staging( self );
261        self->apply_job_resources( self );
262        self->apply_job_environment( self );
263        self->apply_email_notification( self );
264        self->apply_native_specification( self, NULL );
265}
266
267
268void
269pbsdrmaa_submit_set( pbsdrmaa_submit_t *self, const char *name,
270                 char *value, unsigned placeholders )
271{
272        fsd_template_t *pbs_attr = self->pbs_job_attributes;
273        TRY
274         {
275                if( placeholders )
276                        value = self->expand_ph->expand(
277                                        self->expand_ph, value, placeholders );
278                pbs_attr->set_attr( pbs_attr, name, value );
279         }
280        FINALLY
281         {
282                fsd_free( value );
283         }
284        END_TRY
285}
286
287
288void
289pbsdrmaa_submit_apply_defaults( pbsdrmaa_submit_t *self )
290{
291        fsd_template_t *pbs_attr = self->pbs_job_attributes;
292        pbs_attr->set_attr( pbs_attr, PBSDRMAA_CHECKPOINT, "u" );
293        pbs_attr->set_attr( pbs_attr, PBSDRMAA_KEEP_FILES, "n" );
294        pbs_attr->set_attr( pbs_attr, PBSDRMAA_PRIORITY, "0" );
295}
296
297
298void
299pbsdrmaa_submit_apply_job_script( pbsdrmaa_submit_t *self )
300{
301        const fsd_template_t *jt = self->job_template;
302        /* fsd_template_t *pbs_attr = self->pbs_job_attributes; */
303        fsd_expand_drmaa_ph_t *expand = self->expand_ph;
304        char *script = NULL;
305        size_t script_len;
306        const char *executable;
307        const char *wd;
308        const char *const *argv;
309        const char *input_path;
310        const char *const *i;
311
312        executable   = jt->get_attr( jt, DRMAA_REMOTE_COMMAND );
313        wd           = jt->get_attr( jt, DRMAA_WD );
314        argv         = jt->get_v_attr( jt, DRMAA_V_ARGV );
315        input_path   = jt->get_attr( jt, DRMAA_INPUT_PATH );
316
317        if( wd )
318         {
319                char *cwd = NULL;
320                cwd = expand->expand( expand, fsd_strdup(wd),
321                                FSD_DRMAA_PH_HD | FSD_DRMAA_PH_INCR );
322                expand->set( expand, FSD_DRMAA_PH_WD, cwd );
323         }
324
325        if( executable == NULL )
326                fsd_exc_raise_code( FSD_DRMAA_ERRNO_INVALID_ATTRIBUTE_VALUE );
327
328        if( input_path != NULL )
329         {
330                if( input_path[0] == ':' )
331                        input_path++;
332         }
333
334         { /* compute script length */
335                script_len = 0;
336                if( wd != NULL )
337                        script_len += strlen("cd ") + strlen(wd) + strlen("; ");
338                script_len += strlen("exec ") + strlen(executable);
339                if( argv != NULL )
340                        for( i = argv;  *i != NULL;  i++ )
341                                script_len += 3+strlen(*i);
342                if( input_path != NULL )
343                        script_len += strlen(" <") + strlen(input_path);
344                if (((pbsdrmaa_session_t)self->session)->job_exit_status_file_prefix)
345                        script_len += strlen("; echo $? >") + strlen(((pbsdrmaa_session_t)self->session)->job_exit_status_file_prefix) + strlen("/$PBS_JOBID.exitcode");
346         }
347
348        fsd_calloc( script, script_len+1, char );
349
350         {
351                char *s;
352                s = script;
353                if( wd != NULL )
354                        s += sprintf( s, "cd %s; ", wd );
355                s += sprintf( s, "exec %s", executable );
356                if( argv != NULL )
357                        for( i = argv;  *i != NULL;  i++ )
358                                s += sprintf( s, " '%s'", *i );
359                if( input_path != NULL )
360                        s += sprintf( s, " <%s", input_path );
361                if (((pbsdrmaa_session_t)self->session)->job_exit_status_file_prefix)
362                        s += sprintf( s, "; echo $? >%s/$PBS_JOBID.exitcode", ((pbsdrmaa_session_t)self->session)->job_exit_status_file_prefix);
363
364                fsd_assert( s == script+script_len );
365         }
366
367        script = expand->expand( expand, script,
368                        FSD_DRMAA_PH_HD | FSD_DRMAA_PH_WD | FSD_DRMAA_PH_INCR );
369
370        /* pbs_attr->set_attr( pbs_attr, "!script", script ); */
371
372        self->script_filename = pbsdrmaa_write_tmpfile( script, strlen(script) );
373        fsd_free( script );
374}
375
376
377void
378pbsdrmaa_submit_apply_job_state( pbsdrmaa_submit_t *self )
379{
380        const fsd_template_t *jt = self->job_template;
381        fsd_template_t *pbs_attr = self->pbs_job_attributes;
382        const char *job_name = NULL;
383        const char *submit_state = NULL;
384        const char *drmaa_start_time = NULL;
385
386        job_name = jt->get_attr( jt, DRMAA_JOB_NAME );
387        submit_state = jt->get_attr( jt, DRMAA_JS_STATE );
388        drmaa_start_time = jt->get_attr( jt, DRMAA_START_TIME );
389
390        if( job_name != NULL )
391                pbs_attr->set_attr( pbs_attr, PBSDRMAA_JOB_NAME, job_name );
392
393        if( submit_state != NULL )
394         {
395                const char *hold_types;
396                if( !strcmp(submit_state, DRMAA_SUBMISSION_STATE_ACTIVE) )
397                        hold_types = "n";
398                else if( !strcmp(submit_state, DRMAA_SUBMISSION_STATE_HOLD) )
399                        hold_types = "u";
400                else
401                        fsd_exc_raise_fmt( FSD_ERRNO_INVALID_VALUE,
402                                        "invalid value of %s attribute (%s|%s)",
403                                        DRMAA_JS_STATE, DRMAA_SUBMISSION_STATE_ACTIVE,
404                                        DRMAA_SUBMISSION_STATE_HOLD );
405                pbs_attr->set_attr( pbs_attr, PBSDRMAA_HOLD_TYPES, hold_types );
406         }
407
408        if( drmaa_start_time != NULL )
409         {
410                time_t start_time;
411                char pbs_start_time[20];
412                struct tm start_time_tm;
413                start_time = fsd_datetime_parse( drmaa_start_time );
414                localtime_r( &start_time, &start_time_tm );
415                sprintf( pbs_start_time, "%04d%02d%02d%02d%02d.%02d",
416                                start_time_tm.tm_year + 1900,
417                                start_time_tm.tm_mon + 1,
418                                start_time_tm.tm_mday,
419                                start_time_tm.tm_hour,
420                                start_time_tm.tm_min,
421                                start_time_tm.tm_sec
422                                );
423                pbs_attr->set_attr( pbs_attr, PBSDRMAA_EXECUTION_TIME, pbs_start_time );
424         }
425}
426
427
428void
429pbsdrmaa_submit_apply_job_files( pbsdrmaa_submit_t *self )
430{
431        const fsd_template_t *jt = self->job_template;
432        fsd_template_t *pbs_attr = self->pbs_job_attributes;
433        const char *join_files;
434        bool b_join_files;
435        int i;
436
437        for( i = 0;  i < 2;  i++ )
438         {
439                const char *drmaa_name;
440                const char *pbs_name;
441                const char *path;
442
443                if( i == 0 )
444                 {
445                        drmaa_name = DRMAA_OUTPUT_PATH;
446                        pbs_name = PBSDRMAA_OUTPUT_PATH;
447                 }
448                else
449                 {
450                        drmaa_name = DRMAA_ERROR_PATH;
451                        pbs_name = PBSDRMAA_ERROR_PATH;
452                 }
453
454                path = jt->get_attr( jt, drmaa_name );
455                if( path != NULL )
456                 {
457                        if( path[0] == ':' )
458                                path++;
459                        self->set(self, pbs_name, fsd_strdup(path), FSD_DRMAA_PH_HD | FSD_DRMAA_PH_WD | FSD_DRMAA_PH_INCR);
460                 }
461         }
462
463        join_files = jt->get_attr( jt, DRMAA_JOIN_FILES );
464        b_join_files = join_files != NULL  &&  !strcmp(join_files,"1");
465        pbs_attr->set_attr( pbs_attr, PBSDRMAA_JOIN_FILES, (b_join_files ? "y" : "n") );
466}
467
468
469void
470pbsdrmaa_submit_apply_file_staging( pbsdrmaa_submit_t *self )
471{
472        /* TODO */
473}
474
475
476void
477pbsdrmaa_submit_apply_job_resources( pbsdrmaa_submit_t *self )
478{
479        const fsd_template_t *jt = self->job_template;
480        fsd_template_t *pbs_attr = self->pbs_job_attributes;
481        const char *cpu_time_limit = NULL;
482        const char *walltime_limit = NULL;
483
484        cpu_time_limit = jt->get_attr( jt, DRMAA_DURATION_HLIMIT );
485        walltime_limit = jt->get_attr( jt, DRMAA_WCT_HLIMIT );
486        if( cpu_time_limit )
487         {
488                pbs_attr->set_attr( pbs_attr, "Resource_List.pcput", cpu_time_limit );
489                pbs_attr->set_attr( pbs_attr, "Resource_List.cput", cpu_time_limit );
490         }
491        if( walltime_limit )
492                pbs_attr->set_attr( pbs_attr, "Resource_List.walltime", walltime_limit );
493}
494
495
496
497void
498pbsdrmaa_submit_apply_job_environment( pbsdrmaa_submit_t *self )
499{
500        const fsd_template_t *jt = self->job_template;
501        const char *const *env_v;
502        const char *jt_wd;
503        char *wd;
504        char *env_c = NULL;
505        int ii = 0, len = 0;
506
507        env_v = jt->get_v_attr( jt, DRMAA_V_ENV);
508        jt_wd    = jt->get_attr( jt, DRMAA_WD );
509       
510        if (!jt_wd)
511        {
512                wd = fsd_getcwd();
513        }
514        else
515        {
516                wd = fsd_strdup(jt_wd);
517        }
518
519        if (env_v)
520         {
521                ii = 0;
522                while (env_v[ii])
523                 {
524                        len += strlen(env_v[ii]) + 1;
525                        ii++;
526                 }
527         }
528       
529        len+= strlen("PBS_O_WORKDIR=") + strlen(wd);
530
531        fsd_calloc(env_c, len + 1, char);
532        env_c[0] = '\0';
533
534        if (env_v)
535        {
536                ii = 0;
537                while (env_v[ii]) {
538                        strcat(env_c, env_v[ii]);
539                        strcat(env_c, ",");
540                        ii++;
541                }
542
543        }
544       
545        strcat(env_c, "PBS_O_WORKDIR=");
546        strcat(env_c, wd);
547
548        self->pbs_job_attributes->set_attr(self->pbs_job_attributes, "Variable_List", env_c);
549
550        fsd_free(env_c);
551        fsd_free(wd);
552}
553
554
555void
556pbsdrmaa_submit_apply_email_notification( pbsdrmaa_submit_t *self )
557{
558        /* TODO */
559}
560
561
562void
563pbsdrmaa_submit_apply_job_category( pbsdrmaa_submit_t *self )
564{
565        const char *job_category = NULL;
566        const char *category_spec = NULL;
567        fsd_conf_option_t *value = NULL;
568
569        job_category = self->job_template->get_attr(
570                        self->job_template, DRMAA_JOB_CATEGORY );
571        if( job_category == NULL  ||  job_category[0] == '\0' )
572                job_category = "default";
573        value = fsd_conf_dict_get( self->session->job_categories,
574                        job_category );
575        if( value != NULL  &&  value->type == FSD_CONF_STRING )
576                category_spec = value->val.string;
577        if( category_spec != NULL )
578                self->apply_native_specification( self, category_spec );
579}
580
581static const char *get_job_env(pbsdrmaa_submit_t *self, const char *env_name)
582{
583        const fsd_template_t *jt = self->job_template;
584        const char *const *env_v = jt->get_v_attr( jt, DRMAA_V_ENV);
585        int ii = 0;
586
587        while (env_v[ii])
588         {
589                char *eq_p = strstr(env_v[ii], "=");
590
591                if ((eq_p) && (strncmp(env_v[ii], env_name, eq_p - env_v[ii]) == 0))
592                                return ++eq_p;
593
594                ii++;
595         }
596
597        return NULL;
598}
599
600static void parse_resources(pbsdrmaa_submit_t *self, fsd_template_t *pbs_attr,const char *resources)
601{
602        char * volatile name = NULL;
603        char *arg = NULL;
604        char *value = NULL;
605        char *ctxt = NULL;
606        char * volatile resources_copy = fsd_strdup(resources);
607
608        TRY
609          {
610                for (arg = strtok_r(resources_copy, ",", &ctxt); arg; arg = strtok_r(NULL, ",",&ctxt) )
611                {
612                        char *psep = strchr(arg, '=');
613
614                        if (psep)
615                        {
616                                *psep = '\0';
617                                name = fsd_asprintf("Resource_List.%s", arg);
618                                value = ++psep;
619                                if (value[0] == '$' && get_job_env(self, value + 1))
620                                        pbs_attr->set_attr( pbs_attr, name , get_job_env(self, value + 1) ); /*get value from job env variable */
621                                else
622                                        pbs_attr->set_attr( pbs_attr, name , value );
623                                fsd_free(name);
624                                name = NULL;
625                        }
626                        else
627                        {
628                                fsd_exc_raise_fmt(FSD_DRMAA_ERRNO_INVALID_ATTRIBUTE_VALUE, "Invalid native specification: %s (Invalid resource specification: %s)", resources, arg);
629                        }
630                }
631          }
632        FINALLY
633          {
634                fsd_free(name);
635                fsd_free(resources_copy);
636          }
637        END_TRY
638}
639
640static void parse_additional_attr(fsd_template_t *pbs_attr,const char *add_attr)
641{
642        char * volatile name = NULL;
643        char *arg = NULL;
644        char *value = NULL;
645        char *ctxt = NULL, *ctxt2 = NULL;
646        char * volatile add_attr_copy = fsd_strdup(add_attr);
647
648        TRY
649          {
650                for (arg = strtok_r(add_attr_copy, ";", &ctxt); arg; arg = strtok_r(NULL, ";",&ctxt) )
651                {
652                        name = fsd_strdup(strtok_r(arg, "=", &ctxt2));
653                        value = strtok_r(NULL, "=", &ctxt2);
654                        pbs_attr->set_attr( pbs_attr, name , value );
655                        fsd_free(name);
656                        name = NULL;
657                }
658          }
659        FINALLY
660          {
661                fsd_free(name);
662                fsd_free(add_attr_copy);
663          }
664        END_TRY
665}
666
667
668void
669pbsdrmaa_submit_apply_native_specification( pbsdrmaa_submit_t *self,
670                const char *native_specification )
671{
672        fsd_log_enter(( "({native_specification=%s})", native_specification ));
673
674        if( native_specification == NULL )
675                native_specification = self->job_template->get_attr(
676                                self->job_template, DRMAA_NATIVE_SPECIFICATION );
677        if( native_specification == NULL )
678                return;
679
680        {
681                fsd_iter_t * volatile args_list = fsd_iter_new(NULL, 0);
682                fsd_template_t *pbs_attr = self->pbs_job_attributes;
683                char *arg = NULL;
684                volatile char * native_spec_copy = fsd_strdup(native_specification);
685                char * ctxt = NULL;
686                int opt = 0;
687
688                TRY
689                  {
690                        for (arg = strtok_r((char *)native_spec_copy, " \t", &ctxt); arg; arg = strtok_r(NULL, " \t",&ctxt) ) {
691                                if (!opt)
692                                  {
693                                        if ( (arg[0] != '-') || (strlen(arg) != 2) )
694                                                fsd_exc_raise_fmt(FSD_DRMAA_ERRNO_INVALID_ATTRIBUTE_VALUE,
695                                                        "Invalid native specification: -o(ption) expected (arg=%s native=%s).",
696                                                        arg, native_specification);
697
698                                        opt = arg[1];
699
700                                        /* handle NO-arg options */
701
702                                        switch (opt) {
703                                                case 'h' :
704                                                        pbs_attr->set_attr( pbs_attr, "Hold_Types" , "u" );
705                                                        break;
706                                                default :
707                                                        continue; /*no NO-ARG option */
708                                        }
709
710                                        opt = 0;
711                                  }
712                                else
713                                  {
714                                        switch (opt) {
715                                               
716                                                case 'W' :
717                                                        parse_additional_attr(pbs_attr, arg);
718                                                        break;
719                                                case 'N' :
720                                                        pbs_attr->set_attr( pbs_attr, "Job_Name" , arg );
721                                                        break;
722                                                case 'o' :
723                                                        pbs_attr->set_attr( pbs_attr, "Output_Path" , arg );
724                                                        break;
725                                                case 'e' :
726                                                        pbs_attr->set_attr( pbs_attr, "Error_Path" , arg );
727                                                        break;
728                                                case 'j' :
729                                                        pbs_attr->set_attr( pbs_attr, "Join_Path" , arg );
730                                                        break;
731                                                case 'm' :
732                                                        pbs_attr->set_attr( pbs_attr, "Mail_Points" , arg );
733                                                        break;
734                                                case 'a' :
735                                                        pbs_attr->set_attr( pbs_attr, "Execution_Time" , arg );
736                                                        break;
737                                                case 'A' :
738                                                        pbs_attr->set_attr( pbs_attr, "Account_Name" , arg );
739                                                        break;
740                                                case 'c' :
741                                                        pbs_attr->set_attr( pbs_attr, "Checkpoint" , arg );
742                                                        break;
743                                                case 'k' :
744                                                        pbs_attr->set_attr( pbs_attr, "Keep_Files" , arg );
745                                                        break;
746                                                case 'p' :
747                                                        pbs_attr->set_attr( pbs_attr, "Priority" , arg );
748                                                        break;
749                                                case 'q' :
750                                                        if (self->destination_queue)
751                                                                fsd_free(self->destination_queue);
752
753                                                        self->destination_queue = fsd_strdup( arg );
754                                                        fsd_log_debug(("self->destination_queue = %s", self->destination_queue));
755                                                        break;
756                                                case 'r' :
757                                                        pbs_attr->set_attr( pbs_attr, "Rerunable" , arg );
758                                                        break;
759                                                case 'S' :
760                                                        pbs_attr->set_attr( pbs_attr, "Shell_Path_List" , arg );
761                                                        break;
762                                                case 'u' :
763                                                        pbs_attr->set_attr( pbs_attr, "User_List" , arg );
764                                                        break;
765                                                case 'v' :
766                                                        pbs_attr->set_attr( pbs_attr, "Variable_List" , arg );
767                                                        break;
768                                                case 'M' :
769                                                        pbs_attr->set_attr( pbs_attr, "Mail_Users" , arg );
770                                                        break;
771                                                case 'l' :
772                                                        parse_resources( self, pbs_attr, arg);
773                                                        break;                                                 
774                                                default :
775                                                       
776                                                        fsd_exc_raise_fmt(FSD_DRMAA_ERRNO_INVALID_ATTRIBUTE_VALUE,
777                                                                        "Invalid native specification: %s (Unsupported option: -%c)",
778                                                                        native_specification, opt);
779                                        }
780                                        opt = 0;
781                                }
782                        }
783
784                        if (opt) /* option without optarg */
785                                fsd_exc_raise_fmt(FSD_DRMAA_ERRNO_INVALID_ATTRIBUTE_VALUE,
786                                                "Invalid native specification: %s",
787                                                native_specification);
788
789                 }
790                FINALLY
791                 {
792#ifndef PBS_PROFESSIONAL
793                        pbs_attr->set_attr( pbs_attr, "submit_args", native_specification);
794#endif
795                        args_list->destroy(args_list);
796                        fsd_free((char *)native_spec_copy);
797                 }
798                END_TRY
799        }
800}
801
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.