source: trunk/pbs_drmaa/submit.c @ 49

Revision 49, 20.3 KB checked in by mmamonski, 11 years ago (diff)

on site fixies

  • Property svn:keywords set to Id
Line 
1/* $Id$ */
2/*
3 *  FedStage DRMAA for PBS Pro
4 *  Copyright (C) 2006-2009  FedStage Systems
5 *
6 *  This program is free software: you can redistribute it and/or modify
7 *  it under the terms of the GNU General Public License as published by
8 *  the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or
9 *  (at your option) any later version.
10 *
11 *  This program is distributed in the hope that it will be useful,
12 *  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
13 *  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
14 *  GNU General Public License for more details.
15 *
16 *  You should have received a copy of the GNU General Public License
17 *  along with this program.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
18 */
19
20#ifdef HAVE_CONFIG_H
21#       include <config.h>
22#endif
23
24#include <unistd.h>
25#include <string.h>
26
27#include <pbs_ifl.h>
28#include <pbs_error.h>
29
30#include <drmaa_utils/conf.h>
31#include <drmaa_utils/drmaa.h>
32#include <drmaa_utils/drmaa_util.h>
33#include <drmaa_utils/datetime.h>
34#include <drmaa_utils/iter.h>
35#include <drmaa_utils/template.h>
36#include <pbs_drmaa/pbs_attrib.h>
37#include <pbs_drmaa/session.h>
38#include <pbs_drmaa/submit.h>
39#include <pbs_drmaa/util.h>
40
41
42
43#ifndef lint
44static char rcsid[]
45#       ifdef __GNUC__
46                __attribute__ ((unused))
47#       endif
48        = "$Id$";
49#endif
50
51static void pbsdrmaa_submit_destroy( pbsdrmaa_submit_t *self );
52
53static char *pbsdrmaa_submit_submit( pbsdrmaa_submit_t *self );
54
55static void pbsdrmaa_submit_eval( pbsdrmaa_submit_t *self );
56
57static void pbsdrmaa_submit_set( pbsdrmaa_submit_t *self, const char *pbs_attr, char *value, unsigned placeholders );
58
59static void pbsdrmaa_submit_apply_defaults( pbsdrmaa_submit_t *self );
60static void pbsdrmaa_submit_apply_job_script( pbsdrmaa_submit_t *self );
61static void pbsdrmaa_submit_apply_job_state( pbsdrmaa_submit_t *self );
62static void pbsdrmaa_submit_apply_job_files( pbsdrmaa_submit_t *self );
63static void pbsdrmaa_submit_apply_file_staging( pbsdrmaa_submit_t *self );
64static void pbsdrmaa_submit_apply_job_resources( pbsdrmaa_submit_t *self );
65static void pbsdrmaa_submit_apply_job_environment( pbsdrmaa_submit_t *self );
66static void pbsdrmaa_submit_apply_email_notification( pbsdrmaa_submit_t *self );
67static void pbsdrmaa_submit_apply_job_category( pbsdrmaa_submit_t *self );
68
69
70pbsdrmaa_submit_t *
71pbsdrmaa_submit_new( fsd_drmaa_session_t *session,
72                const fsd_template_t *job_template, int bulk_idx )
73{
74        pbsdrmaa_submit_t *volatile self = NULL;
75        TRY
76         {
77                fsd_malloc( self, pbsdrmaa_submit_t );
78                self->session = session;
79                self->job_template = job_template;
80                self->script_filename = NULL;
81                self->destination_queue = NULL;
82                self->pbs_job_attributes = NULL;
83                self->expand_ph = NULL;
84                self->destroy = pbsdrmaa_submit_destroy;
85                self->submit = pbsdrmaa_submit_submit;
86                self->eval = pbsdrmaa_submit_eval;
87                self->set = pbsdrmaa_submit_set;
88                self->apply_defaults = pbsdrmaa_submit_apply_defaults;
89                self->apply_job_category = pbsdrmaa_submit_apply_job_category;
90                self->apply_job_script = pbsdrmaa_submit_apply_job_script;
91                self->apply_job_state = pbsdrmaa_submit_apply_job_state;
92                self->apply_job_files = pbsdrmaa_submit_apply_job_files;
93                self->apply_file_staging = pbsdrmaa_submit_apply_file_staging;
94                self->apply_job_resources = pbsdrmaa_submit_apply_job_resources;
95                self->apply_job_environment = pbsdrmaa_submit_apply_job_environment;
96                self->apply_email_notification = pbsdrmaa_submit_apply_email_notification;
97                self->apply_native_specification = pbsdrmaa_submit_apply_native_specification;
98
99                self->pbs_job_attributes = pbsdrmaa_pbs_template_new();
100                self->expand_ph = fsd_expand_drmaa_ph_new( NULL, NULL,
101                                (bulk_idx >= 0) ? fsd_asprintf("%d", bulk_idx) : NULL );
102         }
103        EXCEPT_DEFAULT
104         {
105                if( self )
106                        self->destroy( self );
107         }
108        END_TRY
109        return self;
110}
111
112
113void
114pbsdrmaa_submit_destroy( pbsdrmaa_submit_t *self )
115{
116        if( self->script_filename )
117         {
118                unlink( self->script_filename );
119                fsd_free( self->script_filename );
120         }
121        if( self->pbs_job_attributes )
122                self->pbs_job_attributes->destroy( self->pbs_job_attributes );
123        if( self->expand_ph )
124                self->expand_ph->destroy( self->expand_ph );
125        fsd_free( self->destination_queue );
126        fsd_free( self );
127}
128
129
130char *
131pbsdrmaa_submit_submit( pbsdrmaa_submit_t *self )
132{
133        volatile bool conn_lock = false;
134        struct attrl *volatile pbs_attr = NULL;
135        char *volatile job_id = NULL;
136        TRY
137         {
138                fsd_template_t *pbs_tmpl = self->pbs_job_attributes;
139                int i;
140                int tries_left = ((pbsdrmaa_session_t *)self->session)->max_retries_count;
141                int sleep_time = 1;
142
143                for( i = PBSDRMAA_N_PBS_ATTRIBUTES - 1; i >= 0; i-- ) /* down loop -> start with custom resources */
144                 {
145                        const char *name = pbs_tmpl->by_code( pbs_tmpl, i )->name;
146                        const char *value = pbs_tmpl->get_attr( pbs_tmpl, name );
147
148                        if (!value)
149                                continue;
150
151                        if ( i == PBSDRMAA_ATTR_CUSTOM_RESOURCES)
152                         {
153                                char *value_copy = fsd_strdup(value);
154                                char *tok_comma_ctx = NULL;
155                                char *res_token = NULL;
156                                /* matlab:2,simulink:1 */
157
158                                for (res_token = strtok_r(value_copy, ",", &tok_comma_ctx); res_token; res_token = strtok_r(NULL, ",", &tok_comma_ctx))
159                                 {
160                                        char *value_p = strstr(res_token, ":");
161
162                                        if (value_p)
163                                         {
164                                                char *name_p = NULL;
165                                                *value_p = '\0';
166                                                value_p++;
167                                                name_p = fsd_asprintf("Resource_List.%s",res_token);
168                                                pbs_attr = pbsdrmaa_add_attr( pbs_attr, name_p, value_p );
169                                                fsd_free(name_p);
170                                         }
171                                        else
172                                         {
173                                                fsd_exc_raise_code( FSD_DRMAA_ERRNO_INVALID_ATTRIBUTE_VALUE );
174                                         }
175                                 }
176
177                                fsd_free(value_copy);
178                         }
179                        else if (i == PBSDRMAA_ATTR_NODE_PROPERTIES)
180                         {
181                                const char *nodes_value = pbs_tmpl->get_attr( pbs_tmpl, PBSDRMAA_NODES );
182                                char *final_value = NULL;
183
184                                if (nodes_value)
185                                 {
186                                        final_value = fsd_asprintf("%s:%s",nodes_value, value);
187                                 }
188                                else
189                                 {
190                                        final_value = fsd_asprintf("1:%s", value);
191                                 }
192
193                                pbs_tmpl->set_attr( pbs_tmpl, PBSDRMAA_NODES, final_value);
194                                fsd_free(final_value);
195                         }
196                        else
197                         {
198                                pbs_attr = pbsdrmaa_add_attr( pbs_attr, name, value );
199                         }
200                 }
201
202                conn_lock = fsd_mutex_lock( &self->session->drm_connection_mutex );
203retry:
204                job_id = pbs_submit( ((pbsdrmaa_session_t*)self->session)->pbs_conn,
205                                (struct attropl*)pbs_attr, self->script_filename,
206                                self->destination_queue, NULL );
207
208                fsd_log_info(("pbs_submit(%s, %s) =%s", self->script_filename, self->destination_queue, job_id));
209
210                if( job_id == NULL )
211                {
212                        if (pbs_errno == PBSE_PROTOCOL || pbs_errno == PBSE_EXPIRED)
213                         {
214                                pbsdrmaa_session_t *pbsself = (pbsdrmaa_session_t*)self->session;
215                                if (pbsself->pbs_conn >= 0 )
216                                        pbs_disconnect( pbsself->pbs_conn );
217retry_connect:
218                                sleep(sleep_time++);
219                                pbsself->pbs_conn = pbs_connect( pbsself->super.contact );
220                                if( pbsself->pbs_conn < 0)
221                                        if (tries_left--)
222                                                goto retry_connect;
223                                        else
224                                                pbsdrmaa_exc_raise_pbs( "pbs_connect" );
225                                else
226                                        goto retry;
227                         }
228                        else
229                         {
230                                pbsdrmaa_exc_raise_pbs( "pbs_submit" );
231                         }
232                }
233                conn_lock = fsd_mutex_unlock( &self->session->drm_connection_mutex );
234         }
235        EXCEPT_DEFAULT
236         {
237                fsd_free( job_id );
238                fsd_exc_reraise();
239         }
240        FINALLY
241         {
242                if( conn_lock )
243                        conn_lock = fsd_mutex_unlock( &self->session->drm_connection_mutex );
244                if( pbs_attr )
245                        pbsdrmaa_free_attrl( pbs_attr );
246         }
247        END_TRY
248        return job_id;
249}
250
251
252void
253pbsdrmaa_submit_eval( pbsdrmaa_submit_t *self )
254{
255        self->apply_defaults( self );
256        self->apply_job_category( self );
257        self->apply_job_script( self );
258        self->apply_job_state( self );
259        self->apply_job_files( self );
260        self->apply_file_staging( self );
261        self->apply_job_resources( self );
262        self->apply_job_environment( self );
263        self->apply_email_notification( self );
264        self->apply_native_specification( self, NULL );
265}
266
267
268void
269pbsdrmaa_submit_set( pbsdrmaa_submit_t *self, const char *name,
270                 char *value, unsigned placeholders )
271{
272        fsd_template_t *pbs_attr = self->pbs_job_attributes;
273        TRY
274         {
275                if( placeholders )
276                        value = self->expand_ph->expand(
277                                        self->expand_ph, value, placeholders );
278                pbs_attr->set_attr( pbs_attr, name, value );
279         }
280        FINALLY
281         {
282                fsd_free( value );
283         }
284        END_TRY
285}
286
287
288void
289pbsdrmaa_submit_apply_defaults( pbsdrmaa_submit_t *self )
290{
291        fsd_template_t *pbs_attr = self->pbs_job_attributes;
292        pbs_attr->set_attr( pbs_attr, PBSDRMAA_CHECKPOINT, "u" );
293        pbs_attr->set_attr( pbs_attr, PBSDRMAA_KEEP_FILES, "n" );
294        pbs_attr->set_attr( pbs_attr, PBSDRMAA_PRIORITY, "0" );
295}
296
297
298void
299pbsdrmaa_submit_apply_job_script( pbsdrmaa_submit_t *self )
300{
301        const fsd_template_t *jt = self->job_template;
302        /* fsd_template_t *pbs_attr = self->pbs_job_attributes; */
303        fsd_expand_drmaa_ph_t *expand = self->expand_ph;
304        char *script = NULL;
305        size_t script_len;
306        const char *executable;
307        const char *wd;
308        const char *const *argv;
309        const char *input_path;
310        const char *const *i;
311
312        executable   = jt->get_attr( jt, DRMAA_REMOTE_COMMAND );
313        wd           = jt->get_attr( jt, DRMAA_WD );
314        argv         = jt->get_v_attr( jt, DRMAA_V_ARGV );
315        input_path   = jt->get_attr( jt, DRMAA_INPUT_PATH );
316
317        if( wd )
318         {
319                char *cwd = NULL;
320                cwd = expand->expand( expand, fsd_strdup(wd),
321                                FSD_DRMAA_PH_HD | FSD_DRMAA_PH_INCR );
322                expand->set( expand, FSD_DRMAA_PH_WD, cwd );
323         }
324
325        if( executable == NULL )
326                fsd_exc_raise_code( FSD_DRMAA_ERRNO_INVALID_ATTRIBUTE_VALUE );
327
328        if( input_path != NULL )
329         {
330                if( input_path[0] == ':' )
331                        input_path++;
332         }
333
334         { /* compute script length */
335                script_len = 0;
336                if( wd != NULL )
337                        script_len += strlen("cd ") + strlen(wd) + strlen("; ");
338                script_len += strlen("exec ") + strlen(executable);
339                if( argv != NULL )
340                        for( i = argv;  *i != NULL;  i++ )
341                                script_len += 3+strlen(*i);
342                if( input_path != NULL )
343                        script_len += strlen(" <") + strlen(input_path);
344         }
345
346        fsd_calloc( script, script_len+1, char );
347
348         {
349                char *s;
350                s = script;
351                if( wd != NULL )
352                        s += sprintf( s, "cd %s; ", wd );
353                s += sprintf( s, "exec %s", executable );
354                if( argv != NULL )
355                        for( i = argv;  *i != NULL;  i++ )
356                                s += sprintf( s, " '%s'", *i );
357                if( input_path != NULL )
358                        s += sprintf( s, " <%s", input_path );
359                fsd_assert( s == script+script_len );
360         }
361
362        script = expand->expand( expand, script,
363                        FSD_DRMAA_PH_HD | FSD_DRMAA_PH_WD | FSD_DRMAA_PH_INCR );
364
365        /* pbs_attr->set_attr( pbs_attr, "!script", script ); */
366
367        self->script_filename = pbsdrmaa_write_tmpfile( script, strlen(script) );
368        fsd_free( script );
369}
370
371
372void
373pbsdrmaa_submit_apply_job_state( pbsdrmaa_submit_t *self )
374{
375        const fsd_template_t *jt = self->job_template;
376        fsd_template_t *pbs_attr = self->pbs_job_attributes;
377        const char *job_name = NULL;
378        const char *submit_state = NULL;
379        const char *drmaa_start_time = NULL;
380
381        job_name = jt->get_attr( jt, DRMAA_JOB_NAME );
382        submit_state = jt->get_attr( jt, DRMAA_JS_STATE );
383        drmaa_start_time = jt->get_attr( jt, DRMAA_START_TIME );
384
385        if( job_name != NULL )
386                pbs_attr->set_attr( pbs_attr, PBSDRMAA_JOB_NAME, job_name );
387
388        if( submit_state != NULL )
389         {
390                const char *hold_types;
391                if( !strcmp(submit_state, DRMAA_SUBMISSION_STATE_ACTIVE) )
392                        hold_types = "n";
393                else if( !strcmp(submit_state, DRMAA_SUBMISSION_STATE_HOLD) )
394                        hold_types = "u";
395                else
396                        fsd_exc_raise_fmt( FSD_ERRNO_INVALID_VALUE,
397                                        "invalid value of %s attribute (%s|%s)",
398                                        DRMAA_JS_STATE, DRMAA_SUBMISSION_STATE_ACTIVE,
399                                        DRMAA_SUBMISSION_STATE_HOLD );
400                pbs_attr->set_attr( pbs_attr, PBSDRMAA_HOLD_TYPES, hold_types );
401         }
402
403        if( drmaa_start_time != NULL )
404         {
405                time_t start_time;
406                char pbs_start_time[20];
407                struct tm start_time_tm;
408                start_time = fsd_datetime_parse( drmaa_start_time );
409                localtime_r( &start_time, &start_time_tm );
410                sprintf( pbs_start_time, "%04d%02d%02d%02d%02d.%02d",
411                                start_time_tm.tm_year + 1900,
412                                start_time_tm.tm_mon + 1,
413                                start_time_tm.tm_mday,
414                                start_time_tm.tm_hour,
415                                start_time_tm.tm_min,
416                                start_time_tm.tm_sec
417                                );
418                pbs_attr->set_attr( pbs_attr, PBSDRMAA_EXECUTION_TIME, pbs_start_time );
419         }
420}
421
422
423void
424pbsdrmaa_submit_apply_job_files( pbsdrmaa_submit_t *self )
425{
426        const fsd_template_t *jt = self->job_template;
427        fsd_template_t *pbs_attr = self->pbs_job_attributes;
428        const char *join_files;
429        bool b_join_files;
430        int i;
431
432        for( i = 0;  i < 2;  i++ )
433         {
434                const char *drmaa_name;
435                const char *pbs_name;
436                const char *path;
437
438                if( i == 0 )
439                 {
440                        drmaa_name = DRMAA_OUTPUT_PATH;
441                        pbs_name = PBSDRMAA_OUTPUT_PATH;
442                 }
443                else
444                 {
445                        drmaa_name = DRMAA_ERROR_PATH;
446                        pbs_name = PBSDRMAA_ERROR_PATH;
447                 }
448
449                path = jt->get_attr( jt, drmaa_name );
450                if( path != NULL )
451                 {
452                        if( path[0] == ':' )
453                                path++;
454                        self->set(self, pbs_name, fsd_strdup(path), FSD_DRMAA_PH_HD | FSD_DRMAA_PH_WD | FSD_DRMAA_PH_INCR);
455                 }
456         }
457
458        join_files = jt->get_attr( jt, DRMAA_JOIN_FILES );
459        b_join_files = join_files != NULL  &&  !strcmp(join_files,"1");
460        pbs_attr->set_attr( pbs_attr, PBSDRMAA_JOIN_FILES, (b_join_files ? "y" : "n") );
461}
462
463
464void
465pbsdrmaa_submit_apply_file_staging( pbsdrmaa_submit_t *self )
466{
467        /* TODO */
468}
469
470
471void
472pbsdrmaa_submit_apply_job_resources( pbsdrmaa_submit_t *self )
473{
474        const fsd_template_t *jt = self->job_template;
475        fsd_template_t *pbs_attr = self->pbs_job_attributes;
476        const char *cpu_time_limit = NULL;
477        const char *walltime_limit = NULL;
478
479        cpu_time_limit = jt->get_attr( jt, DRMAA_DURATION_HLIMIT );
480        walltime_limit = jt->get_attr( jt, DRMAA_WCT_HLIMIT );
481        if( cpu_time_limit )
482         {
483                pbs_attr->set_attr( pbs_attr, "Resource_List.pcput", cpu_time_limit );
484                pbs_attr->set_attr( pbs_attr, "Resource_List.cput", cpu_time_limit );
485         }
486        if( walltime_limit )
487                pbs_attr->set_attr( pbs_attr, "Resource_List.walltime", walltime_limit );
488}
489
490
491
492void
493pbsdrmaa_submit_apply_job_environment( pbsdrmaa_submit_t *self )
494{
495        const fsd_template_t *jt = self->job_template;
496        const char *const *env_v;
497        const char *jt_wd;
498        char *wd;
499        char *env_c = NULL;
500        int ii = 0, len = 0;
501
502        env_v = jt->get_v_attr( jt, DRMAA_V_ENV);
503        jt_wd    = jt->get_attr( jt, DRMAA_WD );
504       
505        if (!jt_wd)
506        {
507                wd = fsd_getcwd();
508        }
509        else
510        {
511                wd = fsd_strdup(jt_wd);
512        }
513
514        if (env_v)
515         {
516                ii = 0;
517                while (env_v[ii])
518                 {
519                        len += strlen(env_v[ii]) + 1;
520                        ii++;
521                 }
522         }
523       
524        len+= strlen("PBS_O_WORKDIR=") + strlen(wd);
525
526        fsd_calloc(env_c, len + 1, char);
527        env_c[0] = '\0';
528
529        if (env_v)
530        {
531                ii = 0;
532                while (env_v[ii]) {
533                        strcat(env_c, env_v[ii]);
534                        strcat(env_c, ",");
535                        ii++;
536                }
537
538        }
539       
540        strcat(env_c, "PBS_O_WORKDIR=");
541        strcat(env_c, wd);
542
543        self->pbs_job_attributes->set_attr(self->pbs_job_attributes, "Variable_List", env_c);
544
545        fsd_free(env_c);
546        fsd_free(wd);
547}
548
549
550void
551pbsdrmaa_submit_apply_email_notification( pbsdrmaa_submit_t *self )
552{
553        /* TODO */
554}
555
556
557void
558pbsdrmaa_submit_apply_job_category( pbsdrmaa_submit_t *self )
559{
560        const char *job_category = NULL;
561        const char *category_spec = NULL;
562        fsd_conf_option_t *value = NULL;
563
564        job_category = self->job_template->get_attr(
565                        self->job_template, DRMAA_JOB_CATEGORY );
566        if( job_category == NULL  ||  job_category[0] == '\0' )
567                job_category = "default";
568        value = fsd_conf_dict_get( self->session->job_categories,
569                        job_category );
570        if( value != NULL  &&  value->type == FSD_CONF_STRING )
571                category_spec = value->val.string;
572        if( category_spec != NULL )
573                self->apply_native_specification( self, category_spec );
574}
575
576static const char *get_job_env(pbsdrmaa_submit_t *self, const char *env_name)
577{
578        const fsd_template_t *jt = self->job_template;
579        const char *const *env_v = jt->get_v_attr( jt, DRMAA_V_ENV);
580        int ii = 0;
581
582        while (env_v[ii])
583         {
584                char *eq_p = strstr(env_v[ii], "=");
585
586                if ((eq_p) && (strncmp(env_v[ii], env_name, eq_p - env_v[ii]) == 0))
587                                return ++eq_p;
588
589                ii++;
590         }
591
592        return NULL;
593}
594
595static void parse_resources(pbsdrmaa_submit_t *self, fsd_template_t *pbs_attr,const char *resources)
596{
597        char * volatile name = NULL;
598        char *arg = NULL;
599        char *value = NULL;
600        char *ctxt = NULL;
601        char * volatile resources_copy = fsd_strdup(resources);
602
603        TRY
604          {
605                for (arg = strtok_r(resources_copy, ",", &ctxt); arg; arg = strtok_r(NULL, ",",&ctxt) )
606                {
607                        char *psep = strchr(arg, '=');
608
609                        if (psep)
610                        {
611                                *psep = '\0';
612                                name = fsd_asprintf("Resource_List.%s", arg);
613                                value = ++psep;
614                                if (value[0] == '$' && get_job_env(self, value + 1))
615                                        pbs_attr->set_attr( pbs_attr, name , get_job_env(self, value + 1) ); /*get value from job env variable */
616                                else
617                                        pbs_attr->set_attr( pbs_attr, name , value );
618                                fsd_free(name);
619                                name = NULL;
620                        }
621                        else
622                        {
623                                fsd_exc_raise_fmt(FSD_DRMAA_ERRNO_INVALID_ATTRIBUTE_VALUE, "Invalid native specification: %s (Invalid resource specification: %s)", resources, arg);
624                        }
625                }
626          }
627        FINALLY
628          {
629                fsd_free(name);
630                fsd_free(resources_copy);
631          }
632        END_TRY
633}
634
635static void parse_additional_attr(fsd_template_t *pbs_attr,const char *add_attr)
636{
637        char * volatile name = NULL;
638        char *arg = NULL;
639        char *value = NULL;
640        char *ctxt = NULL, *ctxt2 = NULL;
641        char * volatile add_attr_copy = fsd_strdup(add_attr);
642
643        TRY
644          {
645                for (arg = strtok_r(add_attr_copy, ";", &ctxt); arg; arg = strtok_r(NULL, ";",&ctxt) )
646                {
647                        name = fsd_strdup(strtok_r(arg, "=", &ctxt2));
648                        value = strtok_r(NULL, "=", &ctxt2);
649                        pbs_attr->set_attr( pbs_attr, name , value );
650                        fsd_free(name);
651                        name = NULL;
652                }
653          }
654        FINALLY
655          {
656                fsd_free(name);
657                fsd_free(add_attr_copy);
658          }
659        END_TRY
660}
661
662
663void
664pbsdrmaa_submit_apply_native_specification( pbsdrmaa_submit_t *self,
665                const char *native_specification )
666{
667        fsd_log_enter(( "({native_specification=%s})", native_specification ));
668
669        if( native_specification == NULL )
670                native_specification = self->job_template->get_attr(
671                                self->job_template, DRMAA_NATIVE_SPECIFICATION );
672        if( native_specification == NULL )
673                return;
674
675        {
676                fsd_iter_t * volatile args_list = fsd_iter_new(NULL, 0);
677                fsd_template_t *pbs_attr = self->pbs_job_attributes;
678                char *arg = NULL;
679                volatile char * native_spec_copy = fsd_strdup(native_specification);
680                char * ctxt = NULL;
681                int opt = 0;
682
683                TRY
684                  {
685                        for (arg = strtok_r((char *)native_spec_copy, " \t", &ctxt); arg; arg = strtok_r(NULL, " \t",&ctxt) ) {
686                                if (!opt)
687                                  {
688                                        if ( (arg[0] != '-') || (strlen(arg) != 2) )
689                                                fsd_exc_raise_fmt(FSD_DRMAA_ERRNO_INVALID_ATTRIBUTE_VALUE,
690                                                        "Invalid native specification: -o(ption) expected (arg=%s native=%s).",
691                                                        arg, native_specification);
692
693                                        opt = arg[1];
694
695                                        /* handle NO-arg options */
696
697                                        switch (opt) {
698                                                case 'h' :
699                                                        pbs_attr->set_attr( pbs_attr, "Hold_Types" , "u" );
700                                                        break;
701                                                default :
702                                                        continue; /*no NO-ARG option */
703                                        }
704
705                                        opt = 0;
706                                  }
707                                else
708                                  {
709                                        switch (opt) {
710                                               
711                                                case 'W' :
712                                                        parse_additional_attr(pbs_attr, arg);
713                                                        break;
714                                                case 'N' :
715                                                        pbs_attr->set_attr( pbs_attr, "Job_Name" , arg );
716                                                        break;
717                                                case 'o' :
718                                                        pbs_attr->set_attr( pbs_attr, "Output_Path" , arg );
719                                                        break;
720                                                case 'e' :
721                                                        pbs_attr->set_attr( pbs_attr, "Error_Path" , arg );
722                                                        break;
723                                                case 'j' :
724                                                        pbs_attr->set_attr( pbs_attr, "Join_Path" , arg );
725                                                        break;
726                                                case 'm' :
727                                                        pbs_attr->set_attr( pbs_attr, "Mail_Points" , arg );
728                                                        break;
729                                                case 'a' :
730                                                        pbs_attr->set_attr( pbs_attr, "Execution_Time" , arg );
731                                                        break;
732                                                case 'A' :
733                                                        pbs_attr->set_attr( pbs_attr, "Account_Name" , arg );
734                                                        break;
735                                                case 'c' :
736                                                        pbs_attr->set_attr( pbs_attr, "Checkpoint" , arg );
737                                                        break;
738                                                case 'k' :
739                                                        pbs_attr->set_attr( pbs_attr, "Keep_Files" , arg );
740                                                        break;
741                                                case 'p' :
742                                                        pbs_attr->set_attr( pbs_attr, "Priority" , arg );
743                                                        break;
744                                                case 'q' :
745                                                        if (self->destination_queue)
746                                                                fsd_free(self->destination_queue);
747
748                                                        self->destination_queue = fsd_strdup( arg );
749                                                        fsd_log_debug(("self->destination_queue = %s", self->destination_queue));
750                                                        break;
751                                                case 'r' :
752                                                        pbs_attr->set_attr( pbs_attr, "Rerunable" , arg );
753                                                        break;
754                                                case 'S' :
755                                                        pbs_attr->set_attr( pbs_attr, "Shell_Path_List" , arg );
756                                                        break;
757                                                case 'u' :
758                                                        pbs_attr->set_attr( pbs_attr, "User_List" , arg );
759                                                        break;
760                                                case 'v' :
761                                                        pbs_attr->set_attr( pbs_attr, "Variable_List" , arg );
762                                                        break;
763                                                case 'M' :
764                                                        pbs_attr->set_attr( pbs_attr, "Mail_Users" , arg );
765                                                        break;
766                                                case 'l' :
767                                                        parse_resources( self, pbs_attr, arg);
768                                                        break;                                                 
769                                                default :
770                                                       
771                                                        fsd_exc_raise_fmt(FSD_DRMAA_ERRNO_INVALID_ATTRIBUTE_VALUE,
772                                                                        "Invalid native specification: %s (Unsupported option: -%c)",
773                                                                        native_specification, opt);
774                                        }
775                                        opt = 0;
776                                }
777                        }
778
779                        if (opt) /* option without optarg */
780                                fsd_exc_raise_fmt(FSD_DRMAA_ERRNO_INVALID_ATTRIBUTE_VALUE,
781                                                "Invalid native specification: %s",
782                                                native_specification);
783
784                 }
785                FINALLY
786                 {
787#ifndef PBS_PROFESSIONAL
788                        pbs_attr->set_attr( pbs_attr, "submit_args", native_specification);
789#endif
790                        args_list->destroy(args_list);
791                        fsd_free((char *)native_spec_copy);
792                 }
793                END_TRY
794        }
795}
796
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.