= Gaussian =
== Skonfigurowane wersje ==
* gaussian/g09.c.01 (Galera+, Zeus)
* guassian/g09.b.01 (Nova, Inula, Hydra, Reef)
* guassian/g09.d.01 (Inula, Zeus)
= Rozrzeszenie plików wejściowych =
 * *.com
 * *.gjf
== Uwagi ogólne ==
* Aplikacja QCG-Icon troszczy się o automatyczne ustawienie dyrektyw `%rwf` w zależności od klastra na które zostało zlecone zadanie,
* W przypadku nie podania dyrektywy `%chk` jest ona automatycznie dodawana na podstawie nazwy pliku wejściowego,
* Podobnie: dyrektywy %mem oraz %nproc są automatycznie ustawiane w pliku wejściowym na podstawie wymagań podanych przy zlecaniu zadania. W przypadku pamięci należy do wymagań dodać 1024MB na potrzeby samego środowiska Gaussian.
* Aplikację Gaussian należy zlecać jako aplikację równoległą. 
== Przykład użycia ==
* Aby zlecić symulację należy dwukrotnie kliknąć plik wejściowy (Windows) lub wybrać akcję `zleć zadanie` z menu plik,
* Jeżeli restartartujemy symulację z pliku checkpoint należy również zaznaczyć plik `.chk` (Program `QCG-Icon` ostrzeże nas jeżeli tego nie zrobimy),
* W pierwszej kolejności należy wybrać klaster na który chcemy zlecić symulację (patrz: następna sekcja) lub pozostawić opcję 'Wybór automatyczny`,
* Następnie należy ustawić maksymalny czas wykownywania w godzinach (najdłuższa kolejka w PL-Gridzie jest w stanie przyjąć zadania o `walltime` 168h)
* Innym istotnym parametrem zadania jest wymaganie pamięci. Na podstawie tego wymagania zostanie automatycznie dodana dyrektywa `%mem`, pomniejszona o wartość 1024MB. Przykład: Jeżeli podamy w wymaganiach limit pamięci równy `8G` to do pliku z opisem zostanie dodana automatycznie dyrektywa: `%mem=7168MB` (8G - 1024MB =  (8 * 1024MB) - 1024MB = 7168MB),
* Definujemy aplikację jako **`Równoległą`** i ewentualnie zmieniamy liczbę rdzeni na węzeł (podawanie wartości większej niż 4-6 w przypadku większości układów nie ma sensu, może wręcz spowolnić obliczenia). Liczba węzłow powinna być zawsze ustawiona na `1`. W przeciwnym wypadku zadanie zakończy się błędem z następującym komunikatem w pliku logu "QCG-ERROR: Gaussian can be run only on single node! Use %QCG nodes=1:X (commandline client) or parallell (QCG-Icon)".
* Kilkamy na `zleć zadanie`,
* Po uruchomieniu zadania możemy na bieżąco obserwować przebieg symulacji kilkając dwa razy na wiersz z zadaniem. Okno podglądu ma funkcjonalność filtrowania (zbliżoną do Linuksowego polecenia grep).
* Jeżeli zadanie zostało przerwane na skutek przekroczenia zadeklarowanego czasu wykonania to można je automatycznie zrestartować z pliku checkpoint kilkając prawym przyciskiem myszy na wierszu z zadaniem i wybierając akcję `Zleć ponownie z pliku checkpoint...`
== Uwagi dotyczące klastrów ==
Ze względu na duży rozmiar, oraz częste operacje zapisu oraz odczytu, plików tymczasowych aplikacji Gaussian (*.rwf) najkorzystniej jest zlecać zadania tego typu na klastry wyposażone w szybkie, współdzielone, przestrzenie dyskowe na dane tymczasowe (tzw. Scratch). Są to obecnie klastry:
* Zeus (Cyfronet),
* Reef (PCSS),
* Inula (PCSS),
* Hyda (ICM),
* Nova (WCSS).
Dla jednego z klastrów limity na maksymalną wielkość pliku RWF pojedynczego zadania wynoszą odpowiednio (wartoś przybliżona):
* Galera (TASK) - 1GB,
== Narzędzia dodatkowe ==
* Narzędzie integrujące program Gaussview z QCG-Icon: [http://apps.man.poznan.pl/trac/qcg-icon/downloads/gv-qcg.exe gv-qcg.exe] ([http://fury.man.poznan.pl/~pkopta/uam/ instrukcja])

== FAQ ==
* W jaki sposób mogę wygenerować formatowany plik checkpoint  (fchk) dla mojej sumulacji?

 Formatowany plik checkpointu można uzyskać ustawiając odpowiedni "skrypt pomocniczy" typu "postprocessing", tj. wpisując: `formchk *.chk`