Version 21 (modified by mmamonski, 9 years ago) (diff)

--

Gaussian

Skonfigurowane wersje

  • gaussian/g09.c.01 (Galera+, Zeus)
  • guassian/g09.b.01 (Nova, Inula, Hydra, Reef)
  • guassian/g09.d.01 (Inula)

Rozrzeszenie plików wejściowych

  • *.com
  • *.gjf

Uwagi ogólne

  • Aplikacja QCG-Icon troszczy się o automatyczne ustawienie dyrektyw %rwf w zależności od klastra na które zostało zlecone zadanie,
  • W przypadku nie podania dyrektywy %chk jest ona automatycznie dodawana na podstawie nazwy pliku wejściowego,
  • Podobnie: dyrektywy %mem oraz %nproc są automatycznie ustawiane w pliku wejściowym na podstawie wymagań podanych przy zlecaniu zadania. W przypadku pamięci należy do wymagań dodać 1024MB na potrzeby samego środowiska Gaussian.
  • Aplikację Gaussian należy zlecać jako aplikację równoległą typu: "Równoległa z topologią".

Przykład użycia

  • Aby zlecić symulację należy dwukrotnie kliknąć plik wejściowy (Windows) lub wybrać akcję zleć zadanie z menu plik,
  • Jeżeli restartartujemy symulację z pliku checkpoint należy również zaznaczyć plik .chk (Program QCG-Icon ostrzeże nas jeżeli tego nie zrobimy),
  • W pierwszej kolejności należy wybrać klaster na który chcemy zlecić symulację (patrz: następna sekcja) lub pozostawić opcję 'Wybór automatyczny`,
  • Następnie należy ustawić maksymalny czas wykownywania w godzinach (najdłuższa kolejka w PL-Gridzie jest w stanie przyjąć zadania o walltime 168h)
  • Innym istotnym parametrem zadania jest wymaganie pamięci. Na podstawie tego wymagania zostanie automatycznie dodana dyrektywa %mem, pomniejszona o wartość 1024MB. Przykład: Jeżeli podamy w wymaganiach limit pamięci równy 8G to do pliku z opisem zostanie dodana automatycznie dyrektywa: %mem=7168MB (8G - 1024MB = (8 * 1024MB) - 1024MB = 7168MB),
  • Definujemy aplikację jako Równoległą z topologią i ewentualnie zmieniamy liczbę rdzeni na węzeł (podawanie wartości większej niż 4-6 w przypadku większości układów nie ma sensu, może wręcz spowolnić obliczenia). Liczba węzłow powinna być zawsze ustawiona na 1. W przeciwnym wypadku zadanie zakończy się błędem z następującym komunikatem w pliku logu "QCG-ERROR: Gaussian can be run only on single node! Use %QCG nodes=1:X (commandline client) or parallell with topology (QCG-Icon)".
  • Kilkamy na zleć zadanie,
  • Po uruchomieniu zadania możemy na bieżąco obserwować przebieg symulacji kilkając dwa razy na wiersz z zadaniem. Okno podglądu ma funkcjonalność filtrowania (zbliżoną do Linuksowego polecenia grep).
  • Jeżeli zadanie zostało przerwane na skutek przekroczenia zadeklarowanego czasu wykonania to można je automatycznie zrestartować z pliku checkpoint kilkając prawym przyciskiem myszy na wierszu z zadaniem i wybierając akcję Zleć ponownie z pliku checkpoint...

Uwagi dotyczące klastrów

Ze względu na duży rozmiar, oraz częste operacje zapisu oraz odczytu, plików tymczasowych aplikacji Gaussian (*.rwf) najkorzystniej jest zlecać zadania tego typu na klastry wyposażone w szybkie, współdzielone, przestrzenie dyskowe na dane tymczasowe (tzw. Scratch). Są to obecnie klastry:

  • Zeus (Cyfronet),
  • Reef (PCSS),
  • Inula (PCSS),
  • Hyda (ICM),
  • Nova (WCSS).

Dla jednego z klastrów limity na maksymalną wielkość pliku RWF pojedynczego zadania wynoszą odpowiednio (wartoś przybliżona):

  • Galera (TASK) - 1GB,

Narzędzia dodatkowe

FAQ

  • W jaki sposób mogę wygenerować formatowany plik checkpoint (fchk) dla mojej sumulacji?

Formatowany plik checkpointu można uzyskać ustawiając odpowiedni "skrypt pomocniczy" typu "postprocessing", tj. wpisując: formchk *.chk